يدير تطبيق المايكروكلير® للضرائب الغير مباشرة معاملات البضائع المصنعة محليا، فضلا عن جمع الضرائب الغير مباشرة عند مرحلة الاستيراد. وتشمل العمليات الموحدة التي يتم تنفيذها في تطبيق الضرائب الغير مباشرة التي تتضمن إدارة الضرائب الغير مباشرة للبيانات الجمركية، حركة الضرائب الغير مباشرة للبضائع، التصريح لعمليات الضرائب الغير مباشرة، الشراء / الاستخدام / التخلص من المواد والبضائع الوسيطة في قطاع الضرائب الغير مباشرة.